Proses panjang peradaban nusantara atau kini dikenal dengan Indonesia tidak dapat dilepaskan dari peran serta Pondok Pesantren (PonPes). Keberadaannya telah menjadi tulang punggung proses belajar masyarakat dan penyebaran Islam dari masa ke masa. Ia juga merupakan cikal bakal pendidikan formal seperti Madrasah dan Perguruan Tinggi Islam. Bahkan, banyak kalangan menyebut PonPes sebagai lembaga pendidikan tertua dalam sejarah pendidikan di Indonesia.

Spirit yang sama juga dapat kita temukan di balik berdirinya Pondok Pesantren Tarbiyatul Mutathowi'in atau kerap disebut dengan Pondok Ngujur. PonPes Tarbiyatul Mutathowi'in ini didirikan oleh KH. Ali Rahmat sepulang dari Pondok Tebuireng. Di sana, KH. Ali Rahmat nyantri kurang lebih selama 11 tahun. Dalam mendirikan pondok, KH. Ali Rahmat dibantu oleh saudara-saudaranya: K. Matlab, K. Ashuri, dan K. Sudirman, selain itu juga dukungan dari masyarakat Dusun Ngujur. Para pejuang pendidikan ini menyadari tugas dan tanggungjawab untuk mengembangkan agama serta menyediakan tempat pendidikan bagi masyarakat sekitar.

PonPes ini mulai didirikan pada tahun 1946. Ketika itu belum ada nama. Karenanya, masyarakat sering menyebut dengan nama Pondok “Pelenggong.” KH. Ali Rahmat kemudian sowan kepada kiainya, Hadratussyaikh Muhammad Hasyim Asy'ari. Beliau meminta petunjuk terkait nama yang cocok untuk PonPes yang baru didirikan. Oleh Hadratussyaikh Hasyim Asy'ari diberilah nama Tarbiyatul Mutathowi'in. Dalam kesempatan itu, Hadratussyaikh Hasyim Asy'ari juga menandaskan bahwa Tarbiyatul Mutathowi'in segaris dan sevisi dengan Pondok Tebuireng.